本发明提供一种顶管井深基坑施工方法，包括：步骤S1，通过图纸放样进行顶管井的围护结构施工；步骤S2，在围护结构外部施作止水帷幕；步骤S3，在围护结构的上沿浇筑冠梁；步骤S4，进行顶管井工作面的土方开挖，在开挖至一定深度后浇筑环梁；步骤S5，重复步骤S4，多次进行的土方开挖并浇筑环梁，直至开挖至设计标高；步骤S6，对顶管井进行内衬施工及封底。设置围护结构和止水帷幕，使顶管井具有较好的抗渗性和刚性，构造简单，能够避免地下水渗透带来的工作井形变问题，提高了顶管井的质量，同时最大可能的降低对对周边环境的扰动，保证了顶管施工的安全性。