本发明提供了一种车载燃料电池发动机的加热控制方法，属于燃料电池技术领域，解决了现有加热控制方法在燃料电池发动机冷启动加热时容易导致蓄电池亏电的问题。该方法包括：识别低压电源启动、燃料电池发动机待机后，获取当前时刻的环境温度，并与设定值T₁进行比较，如果环境温度低于设定值T₁，执行下一步，否则，对燃料电池发动机不执行加热；获取低压电源的输出电压，判断其是否高于设定的电压阈值；如果是，对燃料电池发动机执行加热，并执行下一步；否则，对燃料电池发动机不执行加热；持续监测燃料电池发动机的实时温度，直到所述温度超出阈值上限T₂时，停止上述加热。在特定情况下整车无法断开低压电源时，能够有效保护蓄电池。