本发明公开了一种变工况双喷嘴引射循环燃料电池系统及控制方法，包括：高压氢瓶、双喷嘴引射器、燃料电池电堆、蓄电池和模式控制单元；高压氢瓶经过减压阀后分为两路，其中一路与双喷嘴引射器的第一喷嘴连接，另一路经过电磁阀与双喷嘴引射器的第二喷嘴连接；双喷嘴引射器的出口与燃料电池电堆的阳极入口连接；燃料电池电堆与驱动装置和蓄电池分别连接，蓄电池与驱动装置连接；所述模式控制单元能够根据监测到的驱动装置和蓄电池的运行状态，调整燃料电池电堆的工作模式。本发明根据双喷嘴引射器自身性能特性，将燃料电池电堆划分为两种工作模式，使双喷嘴引射器根据系统的运行状态选择合适的工作模式，提高燃料电池运行效率。