本发明涉及机械设备制造技术领域，具体是一种柔性圆片状物料自动交替上料装置，包括驱动机构，所述驱动机构的驱动件带动圆片取料机构和无纺布取料机构做往复取放料动作，所述圆片取料机构内的圆片取料件通过真空吸附的方式吸取位于圆片供料机构内的圆片并运送至采样瓶的正上方，真空吸附解除，圆片落入采样瓶内，所述无纺布取料机构内的无纺布取料件的端部连接有可膨胀收缩的气囊，气囊通过膨胀收缩将无纺布运送至采样瓶内，圆片和无纺布依次交错且同轴线的堆叠在采样瓶内；本发明能够快速准确地将相应托盘上的全部圆片和无纺布通过一个行程全部装载到采样瓶内，同时减少人工的参与，提高装配的一致性和装配精度。