本发明公开了一种基于多云架构的数据存储系统及方法，所述系统包括：用户访问层、存储管理层、存储管理层以及数据传输层。用户访问层用于进行身份认证，实现安全访问；存储管理层用于将不同云端服务商提供的API接口整合，形成统一的虚拟云盘操作界面；数据服务层用于对文件数据进行动态分割，并在分割完后将所述文件数据的元信息保存于本地数据库中；所述数据传输层用于对所述文件数据进行分块加密，并基于负载均衡算法，将所述文件数据库分块上传至对应云端。本发明可将文件数据加密后上传至云端，保障数据的安全性，且将文件数据的元信息存放至本地数据库中，从而保证了本地数据库对文件数据的控制权，进一步保障了数据的安全性。