本发明提供一种荧光复合纤维及其制备方法和应用，所述荧光复合纤维为以聚合物壳层包覆掺杂荧光材料的聚合物的核壳结构或以聚合物为壳层包覆荧光材料的中空结构；其中，所述聚合物包括聚己内酯、聚乳酸、聚乳酸‑羟基乙酸、聚甲基丙烯酸甲酯或聚丙烯中的任意一种或至少两种的组合。本发明提供的荧光复合纤维具有强度韧性兼具的机械性能、直径可控、成本低、生物相容性好、可降解等优点，且其生产工艺不复杂、无毒副污染、可大规模生产；本发明提供的荧光复合纤维可为不同眼部疾病患者制定个性化需求的结构性质，为增加青光眼患者的手术穿管治疗成功率提供了一种新思路，并且其良好的生物相容性使其具有极高的临床应用前景。