本发明涉及水库水源保护的技术领域，公开了水库水源保护截流结构，包括截流沟、沉淀池以及排水井，沉淀池中设有三个沉淀腔；排水井中设有抽水泵，抽水泵连接有排水管，排水管与市政管道连通；截流沟与沉淀池之间排水道连通，沉淀池与排水井之间通过引水道连通，排水道与引水道呈隐藏式布置；截流沟中收集的水体通过排水道进入沉淀池中，依序通过三个沉淀腔的沉淀处理后，通过引水道进入排水井中，再由抽水泵抽取，经由排水管排至市政管道中；截流沟可以隔断水库岸边的水体等进入水库中，收集后的水体进入沉淀池，经过沉淀池三级沉淀处理，沉淀后的水体进入排水井中再次沉淀，截留效果好，且在截留过程实现沉淀外排效果。