本发明公开了一种深部原位保真取芯率定平台装配系统，包括岩芯舱装配子系统和钻杆舱装配子系统；岩芯舱装配子系统用以固定安装于地基基础上，并用以调节岩芯舱在Y轴的装配移动；钻杆舱装配子系统位于岩芯舱装配子系统的上方，用以调节钻杆在Z轴向和X轴向的装配移动。本发明可实现对大尺寸非标高温高压模拟实验舱体构件的准确装配和可靠固定，通过正交三轴上的位置调控，实现分段舱体的装配和固定；并通过钻杆的自适应导向结构，对多段钻杆舱的装配过程进行准确定位，确保多段钻杆舱的装配精度，且在钻杆装配过程中，为钻杆提供导向作用，确保钻杆在装配时与安装平台下方的岩芯舱进行精准对位。