本发明公开了一种用于保真取芯器运行的控制系统，其包括保真取芯器本体，保真取芯器本体安装在岩芯舱的上端，保真取芯器本体的排液口与排液通道连接，排液通道上依次设置有第一压力变送器、第一安全阀、液控阀和第一加热器，第一加热器与驱动泵之间设置有单向阀、第一伺服阀和第二压力变送器；驱动泵与供水降温池连接；驱动泵与供水降温池之间设置有第二加热器和第二伺服阀，供水降温池内放置有螺旋管，螺旋管的一端设置在流动污水池内，另一端与保真取芯器本体的排水口连接，排水口与螺旋管之间设置有过滤器、第二安全阀和第三伺服阀。本方案在高温高压环境下，更为安全有效的服务保真取芯器进行工作，实现原位工作驱动环境的模拟。