一种适用于盐度波动水体的高锰酸盐指数检测方法及检测系统：步骤一，通过盐度传感器读取水样的盐度数据，根据盐度数据进行水质类型判别；步骤二，针对不同的水质类型，仪器自动调取软件测试流程，调整相应的使用试剂种类、进液量、消解时间、ORP滴定终点判定方法，从而实现水样高锰酸盐指数的准确检测。所述检测系统包括进样模块、反应模块和试剂流路模块，所述进样模块与反应模块通过第一水泵连接，所述反应模块与试剂流路模块通过多通道注射泵连接。该方法可实时反馈水体盐度的变化，根据盐度范围细分了3种高锰酸盐指数监测流程，大大提高了高锰酸盐指数方法选择的准确性。