本发明公开了一种生物标本自动采集装置，装置包括装置基座、驱动模块、浮游生物采集模块、底栖生物采集模块、控制器与外部终端；浮游生物采集模块通过第一伸缩杆连接装置基座，通过第二伸缩杆连接底栖生物采集模块；驱动模块包括驱动电机与螺旋桨，驱动电机安装于装置基座上表面，螺旋桨安装于装置基座的侧方；控制器与外部终端无线连接，并接收外部终端发送的控制指令；控制器发送控制指令至驱动电机中，通过驱动电机控制装置基座、螺旋桨、第一伸缩杆与第二伸缩杆的动作。本发明实现了底栖生物和浮游生物的同步采集，远程操控，适用于各种复杂的水域环境，大大的提高了采集效率。