本发明提供一种中小型生物乙醇重整制氢的装置系统及重整制氢的方法，所述装置系统包括原料供给单元、换热单元、乙醇催化重整单元、氢气分离单元、尾气催化氧化单元、氢气纯化单元和监测控制单元；所述原料供给单元中的原料依次流经换热单元、乙醇催化重整单元和氢气分离单元；所述氢气分离单元中的氢气依次流经换热单元和氢气纯化单元；所述氢气分离单元中的尾气依次流经尾气催化氧化单元和换热单元；所述监测控制单元用于实时监测并控制装置系统中各个单元的稳定运行。本发明提供的装置系统适用于燃料电池，为新能源汽车、分布式电站、应急电源和国防军工等领域供应了安全、环保、经济的氢源，同时提升了装置的能量效率，保证了尾气达标排放。