本发明公开了一种基于物料运输系统的运输方法，所述物料运输系统包括支洞和存料区，所述支洞从地面斜向下延伸，所述支洞中铺设有第一齿轨，所述第一齿轨适于供齿轨列车移动，所述第一齿轨设有第一双轨段，所述第一双轨段包括第一段和第二段，所述第一段和所述第二段并行间隔布置；所述存料区位于所述支洞背离地面的一端，所述存料区中设有第二齿轨，所述第二齿轨沿水平方向延伸，所述第二齿轨与所述第一齿轨相连，所述第二齿轨包括第二双轨段和卸料段，所述第二双轨段包括第三段和第四段，所述第三段和所述第四段并行间隔布置，所述卸料段适于供所述齿轨列车装卸物料。本发明实施例的基于物料运输系统的运输方法具有运输效率较高的优点。