一种储能系统运行优化方法、系统、服务器及存储介质，方法包括获取总负荷预测偏差的概率分布作为负荷侧的不确定因素输入；获取配网侧多点分布储能系统允许的最大荷电状态与最小荷电状态以及充放功率约束作为功率输出的约束条件；设置储能系统出力为不考虑负荷不确定因素的决策出力与承担负荷预测偏差的决策出力两部分，针对多点分布的储能系统，设置各储能系统的负荷预测偏差承担系数，全部承担系数的加和为1；设置储能系统出力的概率约束；设置储能系统运行优化的目标函数为最小化主网注入功率的峰值；得到概率约束下的储能系统的运行优化控制模型，进行等效转化并求解得到储能系统出力计划。本发明能减少负荷侧不确定因素对主网带来的冲击。