本发明提供一种空中运输车的升降机构控制方法及系统，应用于半导体晶圆制造设备技术领域，其中空中运输车的升降机构控制方法包括：当空中运输车在轨道中运行到预定位置时，启动升降机构对夹持机构的驱动，以使夹持机构进行升降运动；获取所述升降运动的速度值，并根据所述升降运动的速度值对夹持机构的升降运动进行分段控制。通过实时获取升降运动的速度，并依据该实时速度对升降运动进行平稳、快速的分段控制，不仅使整个升降运动平稳运行，且运行的行程周长得到明显优化，极大提升了半导体工厂自动化应用中晶圆搬运效率，有助于提高晶圆生产效率。