本发明提供一种基于降雨量预测河道流量的预警方法及系统，其根据历史流量数据、历史降水量、历史归一化植被指数、历史蒸发器皿的蒸发量、历史土壤数据以及各个分段的支流的第二历史流量数据建立预测模型；其次，根据预报降水量、实时归一化植被指数和实时土壤检测数据进行计算得到待测河道各个分段的预估地表径流量和预估地下径流量；然后，将预估地表径流量、预估地表径流量和实时流量检测数据输入流量预测模型得到待测河道各个分段的流量预测数据；最后，分析流量预测数据是否超过预警值，若流量预测数据预警值超过预警值，则进行报警提示；可以更及时地对河道流量就行预警。