本发明公开了一种受控超短半径导向钻井系统及钻井方法，涉及钻井技术领域，包括依次连接的钻机、常规钻杆、柔性钻杆结构、数据中继传输短节结构、柔性马达结构、随钻测量短节结构和钻头；随钻测量短节结构用于测量井斜和方位信息；数据中继传输短节结构用于接收随钻测量短节结构测量的井斜和方位信息，并将井斜和方位信息发送至钻机；柔性钻杆结构包括至少一个柔性钻杆短节，柔性马达结构包括至少一个柔性马达。本发明的钻井方法能够进行定向钻井和复合钻井。本发明达到了超短半径定向井井眼轨迹控制和钻进提速增效的目的。