本发明公开了一种血栓抽吸控制系统，包括检测模块、采样器、处理反馈模块、特征提取模块、对比输出模块，所述检测模块与所述采样器电连接，所述采样器所转化形成的数字信号与参考信号同步输入所述处理反馈模块，剔除所述数字信号中的噪声之后输入至所述特征提取模块进行信号特征提取形成信号特征组，将所述信号特征组与血栓抽吸曲线数据库同步载入所述对比输出模块判断信号序列的相似度，并输出可执行的参数。本发明采用自适应滤波器对血栓抽吸系统的参数进行特征提取，并与参考数据进行相似度对比，优化执行参量，能够有效降低血栓抽吸过程的失血量。