本发明公开了一种棉麻抗菌纺织品的制备方法，包括如下步骤：（1）将罗布麻棉麻织物通过一次煮练后烘干备用；（2）配制由柠檬酸和壳聚糖组成的改性剂，采用浸‑轧‑焙方式处理棉麻织物，二浸二轧，带液率80‑120%，烘干后140‑160℃焙烘2‑4min，得到改性棉麻针织物；（3）选用具有天然抗菌性能的天然染料为着色剂，在着色剂中加入促染盐得到染液，将棉麻织物以一定浴比浸渍染液进行染色；（4）将染色后的织物皂洗后用冲洗干净。本发明利用棉麻针织面料为原料，以改性壳聚糖为修饰剂，具有抗菌性的天然染料为着色剂，改性后织物通过一步染色法，使得织物具有优异的抗菌性能，经本发明产品染色后的棉麻织物具有较好的色牢度。