本发明提供了一种设备中应用程序安装权限的控制方法和控制系统，设备中具有根证书、或根证书和根据根证书颁发的二级证书。控制方法包括如下步骤：签名工具响应于与唯一的第一主体关联的第一终端发出的请求，根据根证书或二级证书向第一终端颁发与第一主体对应的身份验签证书；以及基于申请的操作，签名工具根据身份验签证书向与第一终端或与唯一的第二主体关联的第二终端颁发应用程序验签证书，其中，拥有应用程序验签证书的第一终端或第二终端被允许通过应用程序验签证书在设备中安装经过验签后的应用程序。本发明的控制方法和控制系统可以提供统一的安装权限差异化管理方案，满足不同使用主体在同一设备中安装的不同需求。