本申请公开了一种卧式生物质分离器，包括机体，在机体内设置有破碎机构、筛网机构以及筛网清理机构；破碎机构包括主传动轴以及设置在主传动轴上破碎刀片，筛网机构包括筛网，筛网包围在破碎刀片的外周，筛网与主传动轴之间形成有破碎腔，筛网与筛网驱动机构连接，筛网驱动机构可带动筛网绕主传动轴转动；筛网清理机构包括清理刷，清理刷与清理刷驱动机构连接，清理刷驱动机构可带动清理刷的刷毛与筛网接触或脱离。本申请通过设置筛网清理机构，清理刷的刷毛可在清理刷驱动机构的带动下与筛网脱离，在不需要进行对筛网进行清理的时候，可以使清理刷的刷毛脱离筛网，避免了在正常工作时，清理刷堵塞筛网上的筛孔，影响分离的效率。