本发明提供一种用于超高真空环境下的密封圈密封结构，其包括密封圈、引出水管、压紧螺母、盖板。所述密封圈为截面为L形状的圆环状密封圈，设置在引出水管和盖板之间；通过将所述压紧螺母拧紧以挤压密封圈形成真空密封，所述压紧螺母与盖板之间设置有弹垫；所述盖板通过螺栓压紧安装在真空腔室上，所述盖板和所述真空腔室之间通过矩形密封圈进行密封。本发明解决了离子源内部部件在超高真空环境下冷却水管引出到大气环境下的真空密封问题。