本发明涉及一种配药过滤器及其配药方法，其中配药过滤器包括过滤器本体、设置在过滤器本体内的过滤膜、第一穿刺器与第二穿刺器，所述过滤器本体内部形成密闭腔体，所述密闭腔体通过过滤膜和分隔板划分为依次连通的第一腔室、第三腔室、第四腔室及第二腔室，所述第一穿刺器的插接管通过所述第一通孔与所述第一腔室连通，所述第二穿刺器的插接管通过所述第二通孔与所述第二腔室连通，密闭腔体内设置有扰流机构。本发明提供的配药过滤器通过流道的设计使药物转移时形成涡旋，使药物能够充分分散后与生理盐水混合，加速药物溶解，且通过两次过滤实现了对过滤配药过程中产生的杂质的充分过滤。