本发明公开了一种水性聚酯树脂及其制备方法，主要由以下重量份的原料制备而成：六氢苯酐5～10份、新戊二醇20～25份、三羟甲基丙烷1～5份、己二酸5～10份、间苯二甲酸10～20份、消泡剂0.01～0.05份、甲苯1～5份、三丙二醇单甲醚5～10份、偏苯三酸酐1～5份、甲基乙醇胺0.5～1.0份以及去离子水40～60份；其中：在20℃下，所述水性聚酯树脂以60rpm的转速测得的粘度为200～700mpa·s，酸值为14～17mg/g，pH值为7.2～8.8；不仅能够满足车用涂料的性能要求，用水作为稀释剂，代替原有的有机溶剂，从而减少了有机物的挥发物，对环境污染小。