本发明适用于轨道交通技术领域，提供了一种磁浮列车运行仿真系统。该系统包括多个仿真机、运行在每个仿真机上的仿真模型和目标控制器；其中各个仿真机之间通讯连接，每个仿真机上运行的仿真模型用于模拟对应的目标控制器连接的被控对象的运行，每个仿真机与对应的目标控制器连接；仿真验证时，仿真机上的仿真模型模拟运行生成仿真数据，并发送给对应的目标控制器，然后接收目标控制器根据仿真数据生成的控制指令，并根据控制指令更新仿真数据，以根据目标控制器对磁浮列车的运行状态进行仿真验证。本发明实施例的磁浮列车运行仿真系统可以模拟真实控制器对磁浮列车的运行状态的控制，从而进行磁浮列车与运行控制的双向验证，验证结果更为精确。