本发明实施例公开了一种可水溶的肠溶性万寿菊叶黄素酯浸膏微囊颗粒的制备方法，具体涉及万寿菊叶黄素领域。通过将含叶黄素酯的万寿菊叶黄素酯浸膏微囊化，一方面大幅提高万寿菊叶黄素酯浸膏的水溶性，有效改善叶黄素酯的消化利用率；另一方面，微囊化后的万寿菊叶黄素酯浸膏颗粒，能阻断空气中的氧、热、光照、铁离子等的直接接触，明显提高叶黄素酯的稳定性；同时万寿菊叶黄素酯浸膏微囊化颗粒外层包覆有肠溶性的包衣材料，可以确保万寿菊叶黄素酯浸膏微囊颗粒在胃内不溶解、能够确保叶黄素酯在胃酸环境下的稳定性，但在肠道内万寿菊叶黄素酯浸膏微囊颗粒能完全溶解释放出的叶黄素酯具有良好的水溶性及更好的消化吸收率。