本发明涉及毒性分析的技术领域，特别是涉及一种复配农药水生生物毒性分析系统，其为水生生物提供生长环境，增加复配农药水生生物毒性分析的便利性，增加复配农药水生生物毒性分析的效率，提高实用性；包括设备箱、分析池、进水管、循环泵、第一电机、出水管、第一连通管、动力泵、第二电机、第二连通管、混合机构和自转机构，设备箱内部设置有腔室，腔室内设置有控制装置，分析池安装在设备箱上，分析池内部设置有腔室，进水管安装在分析池上并与分析池腔室连通，循环泵安装在设备箱上，进水管的输出端与循环泵的物料输入端连接，第一电机安装在循环泵上，第一电机的输出端与循环泵的动力输入端连接。