本发明涉及基于空间转录组技术的芪珀生脉组合物改善房颤心肌纤维化的分析装置和方法，包括空间转录模块、表达变化差异基因筛选模块、降维处理模块、聚类分析模块、聚类差异基因集筛选模块、主要差异类群筛选模块和分析模块；采用空间转录组技术对正常组、模型组、芪珀生脉组动物心肌组织切片进行空间转录测序，利用空间转录测序数据进行后续分析，筛选高度变异基因、降维、聚类处理，对每个聚类的差异基因进行富集分析，比较富集分析结果，得到主要差异聚类，最后对主要差异聚类的特征差异基因在进行富集分析。利用本发明装置分析芪珀生脉药物干预、治疗房颤心肌纤维化的关键特征基因及相关分子信号通路，为更好地了解药物干预、治疗房颤提供了有效的分子理论基础和理论支持。