本发明涉及一种高通量液相生物分子检测方法及装置，该方法包括：使用量子点修饰的微片作为分子检测载体，以微片形状和荧光光谱为组合编码信息，得到复合微片；建立载体种类与生物分子种类的对应关系，以通过微片的种类识别并区分待测分子的种类；使修饰后的复合微片与待检测溶液及标记量子点在液相环境中反应；采用检测装置对复合微片进行显微成像及荧光激发，获取复合微片的形状图像和荧光光谱；根据复合微片的形状与荧光光谱的组合确定载体的种类，进而根据建立的载体种类与生物分子种类的对应关系确定生物分子的种类；同时根据标记量子点发射的定量荧光的强度确定生物分子的浓度。该方法及装置编码稳定，解码准确，编码数量大，实现简单。