本发明公开了一种杂交制种雄性不育苗早期识别分选方法、系统及存储介质，涉及育种技术领域。具体步骤包括如下：获取数据集；所述数据集为对苗株图像进行高光谱分析得到的光谱曲线数据；对所述数据集进行预处理，得到第一数据集；划分所述第一数据集，分为训练集、测试集与验证集；利用所述训练集对算法进行分析建模，得到训练好的模型，利用所述测试集对所述训练好的模型进行测试，对比各模型的测试结果，选择测试结果最优的模型进行不育苗分选。本发明用高光谱技术得到苗株的光谱曲线后利用这些数据训练模型去做分类，代替了传统的人工识别可育苗和不育苗，可以缩短分子标记筛选时间成本，实现对早期幼苗不育系进行低成本大规模识别与分选。