本发明涉及一种机封冲洗结构及具有其的真空密闭管路系统。该机封冲洗结构，用于真空密闭管路系统，包括两个水泵组件以及系统主管路；水泵组件包括凝结水泵、阀门件以及第一连通管；凝结水泵的水泵出口通过阀门件与系统主管路连通，凝结水泵包括机械密封以及连通至机械密封的机封冲洗管；第一连通管一端与机封冲洗管固定，另一端与系统主管路之间固定；使得通过第一连通管，不仅能够满足工作泵的机封冲洗需求，还能够满足备用泵的备液需求，因此在进行备用泵切换时，不需要进行管路的开闭切换，从而减少了备用泵切换时的操作步骤；此外，由于机封冲洗管内始终通有液体，因此不会有空气从机封冲洗管带入至凝结水泵内。