本发明公开了一种多个交易系统密钥同步方法及系统，可用于大数据资源调度技术领域，其中方法包括：合作机构装置接收分行发送的新建密钥对和新建密钥对属性值，向每个交易系统发送更换密钥请求，使得每个交易系统在接收后向收单业务管理系统发送推送密钥请求，并接收收单业务管理系统返回的新建密钥对，返回更换密钥成功信息；在接收到所有交易系统返回的更换密钥成功信息后，向每个交易系统发送删除密钥请求，使得每个交易系统在接收后删除旧密钥对返回删除密钥成功信息；在接收到所有交易系统返回的删除密钥成功信息后，使用新建密钥对加签所有的交易。本发明可以保证合作机构在保持交易业务不停顿的情况下安全的更换密钥，提升客户体验。