本发明公开了本一种财务数据处理系统、方法及存储介质，其中，财务数据处理系统包括费项设置装置、方案配置装置和账单生成装置，其中，费项设置装置用于根据需求生成多个费用项目，并为各费用项目设置多个计费标准；方案配置装置用于根据不同费用项目的计费标准为不同区域的费用项目配置对应的计费方案；账单生成装置用于根据费用单据中的费用项目和用户编号进行计费方案匹配，以获得匹配的目标计费方案，并根据目标计费方案、费用项目和用户编号生成财务账单；本发明实现了交易系统和财务系统的联动，解决了不同费用项目和不同区域间需人工处理数据的问题，减少了工作量，提高了数量处理效率，并且可以减少数据泄漏的可能。