本发明提供一种多聚焦图像融合方法、存储介质和计算机。所述多聚焦图像融合方法包括：利用清晰度评价函数计算多张原图像的每张原图像的每个像素的锐利度得到每张原图像的清晰度图像，并进而得到每张原图像的显著性图像；基于每张清晰度图像计算每张图像的重心，按照每张图像的重心对多张原图像和多张显著性图像进行图像排序，得到原图像集和显著图像集；按照图像排序进行原图像集中相邻图像之间以及显著图像集中相邻图像之间的两两配准，以得到配准后的显著性图像集和配准后的原图像集；根据配准后的显著性图像集生成景深图；根据景深图的每个像素位置的图像索引序号重建一张清晰的融合图像。这样，可以将场景相同聚焦不同的多张原图像融合形成一张清晰的融合图像。