本发明公开一种直流输电系统双重化配置的保护测量异常处理方法，包括下列步骤：保护装置的动作逻辑和起动逻辑分别独立检测电流互感器的测量状态，检测到异常后将此互感器的测量异常信号置逻辑真；动作逻辑和起动逻辑将互感器的测量异常信号和保护元件的动作信号分别独立发送给控制系统；控制系统接收到某一保护装置的某一逻辑互感器测量异常信号为逻辑真时，将本逻辑与此互感器相关的保护元件动作信号置逻辑假，其它同一互感器测量异常信号为逻辑假的保护逻辑或起动逻辑中相同保护元件的动作信号按出口逻辑产生最终保护出口信号。本发明能够识别误差较大的电流互感器测量以及提高直流输电系统双重化配置的保护抗测量异常的能力。