本发明提供了一种水轮机调速器控制系统，其包括外部压力油源、用于接入压力油的双精滤油器，双精滤油器有两个出口且分别连接有控制阀组件以及主配压阀，进入控制阀组件的压力油作为控制油，控制阀组件包括与双精滤油器其中一个出口并联的第一比例阀、第二比例阀，第一比例阀和第二比例阀均与第一切换阀连接，第一切换阀还与急停液动阀连接；主配压阀中设置有恒压腔和控制腔，急停液动阀与控制腔连接；控制阀组件还包括设置在第一切换阀和急停液动阀之间的第二切换阀，第二切换阀和双精滤油器之间还连接有自复中电机装置。本发明各组件之间为标准化模块设计，只需要根据要求直接进行更换即可调整控制方式，这样既可以满足电站要求又提高了生产效率。