本发明属于船舶压载水微藻含量检测技术领域，具体涉及一种船舶压载水微藻含量的原位检测方法。所述方法利用荧光探针的发射峰与压载水微藻叶绿素a的吸收峰高度重叠，发生竞争发射，引起探针荧光强度的改变，建立微藻密度与探针发光强度之间的关系模型，从而快速计算压载水样本中微藻的生物量。本发明采用近红外光(NIR)作为激发光源，光毒性低、背景荧光低、检测灵敏度高；采用的无机上转换纳米粒子，其光物理化学性质稳定、无光闪烁、无光漂白现象，并且适用于有腐蚀性的压载水环境；表面功能化修饰赋予探针良好的水溶性以及生物相容性，可直接进入微藻细胞，实现压载水中微藻细胞数量的原位快速检测。