本发明提供一种羟基磷灰石及其制备方法和应用。所述制备方法包括：(1)将经过Fmoc基团修饰的氨基酸和未经修饰的氨基酸溶于磷酸缓冲液中，得到二肽前驱液；将钙盐、碳酸盐分散在明胶水溶液中，反应，得到球霰石型碳酸钙；(2)再将所述二肽前驱液与球霰石型碳酸钙混合，在酶的催化作用下氨基酸缩合形成二肽，所述球霰石型碳酸钙在二肽形成的二肽水凝胶网络体系中沉降并发生离子交换反应，溶解所述二肽后，得到羟基磷灰石。通过该方法制备得到的羟基磷灰石疏松多孔，具有较高的比表面积，在水中能够均匀分散，对于扩大羟基磷灰石的使用范围而言具有重要的意义。