本发明涉及海水养殖技术领域，具体涉及一种海水育苗尾水净化处理系统及方法，包括调节池、第一水泵、进水管、出水管、生物滤池和厌氧处理装置，第一水泵设置于调节池和生物滤池之间，厌氧处理装置设置于生物滤池远离调节池的一侧；生物滤池包括第一罐体、火山岩生物填料、支撑板、进浆管、出浆管和第一泥浆泵；海水育苗尾水引入调节池中，均衡水量后由第一水泵送至生物滤池中，通过火山岩生物填料过滤除水中的悬浮物和不溶性颗粒，添加生物营养液从而达到净化目的，当净化一定量的原水后，过滤出来的污泥进行无害化厌氧处理，保证了水产养殖的可持续发展。