本发明涉及一种动态显微成像的红细胞多角度形态学测量方法及系统，其包括：将经微流控芯片实时采集到的全血细胞视频图像进行预处理，得到单帧的二值化图像；全血细胞视频图像包括白细胞图像以及多角度形态的红细胞图像；在二值化图像中，检测并识别出需要分析的目标物，并标记目标物当前帧的质心位置，建立当前帧质心点坐标集；根据细胞位移特点，分别为当前帧每个目标物进行前帧匹配，建立帧与帧之间的数据关联，并绘制当前目标物的运动轨迹跟踪曲线；根据运动轨迹跟踪曲线，利用红细胞、白细胞特征进行判断，得到红细胞、白细胞的分类结果和计数结果，根据多帧关联的灰度图像进行细胞形态学分析，确定红细胞状态。本发明能实现对血细胞大样本量、高分辨率的检测。