本发明公开了一种应用于无客土矿区的微生物修复方法，其主要利用硫酸盐还原菌、光合细菌、固氮菌等多种菌种的有机组合，可在裸露岩石和沙质土表面构建健康的底层微生物生态系统，其可在光照条件下自我平衡、自我生长，通过分泌胞外聚合物粘附于裸岩及沙质土表面生长，可高效吸收空气中所含水分供给微生物，实现保水、改善生态环境、促进植物根系发展等多种修复功能。修复所产生的硫化物稳定，溶解度很低，环境安全，具备缓冲作用，通过构建底层微生物生态系统后，重金属在农田中以硫化矿物形式被固定，农作物可在重金属污染农田高效迅速生长，产出合格农产品。而所用微生物环境友好微生物，可从根本上改善环境生态，具有持久性。