本发明提出了一种预防及治疗萎缩性胃炎的组合物微胶囊及其制备方法，属于医药技术领域。包括以下步骤：S1.免疫调节益生元的制备；S2.益生菌种子液的培养；S3.山楂提取物的制备；S4.发酵培养基的制备；S5.益生菌发酵组合物的制备；S6.活性组合物的混合；S7.缓释微胶囊的制备。本发明将益生菌、益生菌发酵产物、益生元、活性组合物一同使用，可以发挥出更加理想的生理代谢调节功能和营养价值，同时具有口感良好、安全性强等优点，制得的预防及治疗萎缩性胃炎的组合物微胶囊缓释微胶囊进入人体后，可以缓慢释放活性成分，从而起到长效调节，延长反应效果的作用。