本发明提供一种深基坑中现浇混凝土板与格构柱节点及其施工方法，通过将格构柱与混凝土板节点处进行提前处理，使格构柱贯穿所述混凝土板；将止水构件安装于所述格构柱表面并包埋于所述混凝土板内部；所述格构柱经切割后形成格构柱残部，所述混凝土板的下表面和上表面分别设下凹槽和上凹槽供容置所述格构柱残部的上下端部，所述格构柱残部通过将所述填充材料填入所述下凹槽、所述上凹槽而被完整包埋于所述混凝土板内部。借此，实现防止在格构柱拆除的过程中导致混凝土板发生裂缝、渗水、钢筋锈蚀等现象，保证格构柱在板处拆除过程中混凝土板不发生渗水、结构损伤等现象，从而达到较高的质量效果并满足良好的外观形象。