本公开涉及一种协议数据处理方法及装置、电子设备和存储介质，所述方法包括：对待处理协议数据中的预设字段进行去除，获得第一协议数据；根据第一协议数据中字段的位置信息，对第一协议数据进行特征提取处理，获得第一特征信息；根据第一特征信息，和协议数据的类簇信息，获得待处理协议数据的类别信息。根据本公开的实施例的协议数据处理方法，可对可能干扰数据分类的预设字段进行去除，并基于协议数据自身的各字段的位置信息获得用于分类的特征信息，并基于聚类获得的类簇信息判断协议数据的类别信息，可在不具有上下文关系的情况下，基于协议数据自身的特征确定类别信息，为识别未知的协议数据提供基础。