本发明涉及医疗废水处理技术领域，具体为一种智能控制医疗废水处理系统，包括机壳，处理腔，第一圆腔，第二圆腔，第三圆腔，开设于所述第一圆腔与所述处理腔之间，且与所述第一圆腔以及所述处理腔之间共同转动安装有转杆，且所述转杆的内部中空，滑腔，所述转杆的下端于处理腔的内部周向等间距固定安装有多个搅拌杆，每个所述搅拌杆的上端均等间距固定安装有多个喷头。本发明通过多个喷头喷出气泡，气泡在处理腔的内部四处飘逸，起到扰流的效果，可以将脱氯剂与医疗废水之间均匀混合，可以对处理腔内部的混合液进行反向搅拌，从而使得脱氯剂与医疗废水的混合更加的均匀，从而进一步提高对医疗废水的处理效率。