本发明提供了一种利用复合菌骨料载体净化污染水体的方法，包括：在所述骨料的表面涂抹胶黏剂，得到骨料载体，所述胶黏剂包括：聚乙烯醇、海藻酸钠和明胶，所述聚乙烯醇、所述海藻酸钠和所述明胶的浓度比为40:6:1；将复合菌液喷淋在所述骨料载体的表面，得到所述复合菌骨料载体，所述复合菌剂包括：COD降解菌和氨氮降解菌，所述骨料载体、胶黏剂和复合菌剂的重量比为1000:10:1；将多个所述复合菌骨料载体作为堆砌物堆放在污染水体底部并净化1～9天，且所述堆砌物中多个所述复合菌骨料载体间的空隙率为5％～80％。该方法利用的骨料载体、胶黏剂与复合菌液均不污染环境，使得该方法能够环保地净化污染水体。