本发明公开一种并联式大功率升压变换处理系统及燃料电池供电系统，其中该升压变换处理系统包括一变换控制器和若干以并联方式与变换控制器电性连接的变换模块；变换控制器中设置有电流损耗表，变换控制器根据当前输入总功率、预设输入总电流和电流损耗表计算所要启动的变换模块的个数，以使得所启动的所有变换模块的功率总损耗最小，且使得输入总电流均分到所启动的若干变换模块中；上述升压变换处理系统，采用电气并联结构和中心化控制方式，开机时，可避免燃料电池系统输出端的输出电流抖动；任一变换模块出现故障不会影响整机的运行，使得整机抗故障能力强，稳定性好，而且出现故障后易于排查，另外，整机的功率损耗最小，从而有效提高变换模块的转换效率。