本发明涉及一种基于红外计数的鱼苗计数装置及其应用，包括集鱼桶、计数器和分流装置；所述分流装置包括若干个设置于集鱼桶的底板上的分流管以及与若干个分流管一一对应的若干个分流槽；所述计数器设置于所述分流槽的出口端，所述分流管的进口端的水平高度高于出口端的水平高度。所述分流槽包括第一导流部和第二导流部，所述第二导流部倾斜设置，所述计数器设置于所述第二导流部的出口端。此外，分流装置内还设置有隔板和分流隔板。本发明提供了一种对鱼苗进行两次分流、两次导流的装置，将鱼苗批量连续计数，同时能够提高鱼苗计数的准确性和计数效率；通过设置麻醉液添加装置，降低鱼苗的应急损伤和逆流引起的计数误差。