本申请公开了一种基于水合物法的生物氢气提纯装置，属于能源提纯技术领域，其包括第一反应器、第二反应器、盖体、进气组件、储气组件、压力调节组件和微纳气泡发生器。第二反应器套设在第一反应器外，第二反应器与第一反应器之间形成冷却腔。盖体盖接在第一反应器和第二反应器上，进气组件和储气组件均穿过盖体后与第一反应器连通。压力调节组件和微纳气泡发生器均安装在第一反应器内。本发明公开的基于水合物法的生物氢气提纯装置包括微纳气泡发生器，微纳气泡发生器能够令二氧化套与水混合形成微纳气泡溶液，微纳气泡溶液能够让水合物诱导时间缩短80％左右，平均成核速率提高4倍，因此大幅度缩短了氢气净化的时间，提高了氢气净化的效率。