本发明公开了一种指纹识别方法、移动终端和存储介质，方法包括：获取指纹窗口图层和背景窗口图层；在指纹窗口图层叠加第一预设颜色，得到第一指纹窗口图层；在与第一指纹窗口图层和背景窗口图层所对应的图像上叠加第二预设颜色，得到第一图像，显示在当前显示界面，第一预设颜色和第二预设颜色能够相互中和，以使得第一图像的指纹窗口图层为未添加颜色的效果、背景窗口图层为添加颜色的效果；通过第一图像的指纹窗口图层发出的光线采集指纹图像；将采集到的指纹图像与预存指纹图像进行比对，以进行指纹识别。根据本发明的技术方案，可以实现在享受护眼效果的同时，保证指纹采集的准确性，从而提高指纹识别的准确性。